Yoon Kuk Lee Dél-Koreában született és nevelkedett, korai zenei képzését édesanyjától kapta. Tizenhárom éves volt, amikor családjával kivándorolt Amerikába. A középiskolát New Yorkban végezte, majd a Williams College-be iratkozott be, ahol filozófiát hallgatott. 1976-ban filozófiai és zenetanulmányait summa cum laude minősítéssel fejezte be, majd Ausztriába utazott, ahol a karmesteri és zeneszerzői tanulmányait a salzburgi Mozarteum Egyetemen kezdte, méghozzá olyan neves tanárok keze alatt, mint Végh Sándor, Nikolaus Harnoncourt vagy Herbert von Karajan. Lee egyik első zeneszerzői sikere 1982-re tehető, amikor elnyerte az Osztrák Közszolgálati Rádió és Televízió (ORF) rádióversenyének legmagasabb díját, amely után nyilvános koncertek és rádióközvetítések következtek. Néhány évvel később Lee elfogadott egy tanári állást a salzburgi Mozarteum Zeneegyetemen, ahol jelenleg is dolgozik.
1987 óta vendégkarmesterként fellépett már az Ukrán Nemzeti Szimfonikus Zenekarral, a Szentpétervári Cameratával, a koreai KBS Szimfonikus Zenekarral, a Szöuli Filharmonikusokkal, a Litván Kamarazenekarral, a Szaloniki Nemzeti Szimfonikusokkal, a Koreai Kamarazenekarral, a Bukaresti Enesco Filharmonikusokkal, a Finlandia Szimfonikusokkal, a Koreai Szimfonikus Zenekarral, a Prágai Rádió Szimfonikus Zenekarával is. 1999-től a bécsi Osztrák-Koreai Filharmonikusok művészeti igazgatója, 2002-től pedig az Echternachi Nemzetközi Fesztivál (Luxemburg) kamarazenekarának főkarmestereként dolgozott. 2008-tól az újonnan alapított, Szegeden megrendezésre kerülő Szent Gellért Fesztivál zenei igazgatója.
1992-ben elfogadta a felkérést, hogy megalapítsa a Salzburgi Kamara Filharmonikus Zenekart, ahová fiatal és tehetséges zenészeket gyűjtött össze, hogy új kamarazenekart mutathasson be az európai zenei színtéren. Azóta a zenekar Yoon K. Lee művészeti vezetésével rendkívül kreatív bérleti hangversenysorozatot mutatott be alapító városában, Salzburgban, és egész Európát bejárta Sevilla-tól Ciprusig, mindenütt kiváló kritikákat kapott és tárt karokkal fogadták a leghíresebb koncerttermekben is, mint pl. a bécsi Musikverein-ban, a bécsi Konzerthaus-ban, a müncheni Gasteig-ban és Herkulessaal-ban, a zürichi Tonhalle-ban és a madridi Nemzeti Filharmóniában, csak hogy néhányat említsünk.
A Kamara Filharmonikus Zenekar – ugyancsak az ő vezetése alatt – olyan neves fesztiválokon lépett fel, mint a Karintiai Nyári Fesztivál, a Prágai Őszi Fesztivál, a luxemburgi Echternachi Nemzetközi Fesztivál és a Salzburgi Ünnepi Játékok. Ugyancsak feltűnt az Osztrák Közszolgálati Rádió és Televízió (ORF) élő rádió- és televíziós közvetítéseiben, a görög E-3 és a koreai MBC televíziócsatornákon is.
1996 és 1999 között Cyprien Katsaris-szal együtt felvállalta, hogy Mozart teljes zongora- és zenekari művét (nem csak a zongorakoncertjeit) előadja és előadásukról felvételt is készítenek, s ezzel a hangfelvétel történetében a világon először jelent meg ilyen kiadás. Összesen 15 CD-ből álló sorozatot készítettek, melynek a Piano 21 nevet adták.
A világhírnevet azonban a Naxosszal együtt kiadott Carl Philipp Emanuel Bach-szimfóniák hozták Yoon K. Lee-nek, a Grammaphone c. magazin és a new yorki WQYXR FM klasszikus zenét sugározó rádió is az év tíz legjobb CD újdonságai közé sorolta.
Számos ismert szólista osztotta meg a színpadot Lee-vel; a teljesség igénye nélkül álljon itt néhány név: Mischa Maisky, Edith Mathis, Grace Bumbry, Pierre Amoyal, Irena Grafenauer, Guy Touvron, Sergei Nakajarkov, Cyprien Katsaris, Ingrid Haebler, Wolfgang Schulz, Michel Dalberto, Paul Badura-Skoda and Radovan Vlatkovic és Ruth Ziesak.